O problema é simples: você tem um diretório com MUITOS (mas muitos mesmo!) arquivos e, por simplicidade, você quer separá-los em "n" diretórios.
a solução?
mv `ls | head -100` ./subdir1/
a linha acima move os 100 primeiros arquivos listados no ls para o diretório subdir1. Se você executar novamente, vai pegar os próximos 100 e assim sucessivamente...
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